In juni 653 vertrouwde keizer Constans de nieuwe exarch Calliopa de missie toe die zijn voorganger Olympius verprutst had, namelijk het vermoorden van de paus.
Het beoogde slachtoffer, Paus Martinus, zocht zijn toevlucht in de basiliek van Sint Jan van Lateranen en verschanste zich in een baldakijn aan de voet van het altaar. Dat weerhield de Byzantijnse soldaten er niet van om de kerk binnen te gaan en de paus naar buiten te sleuren. De dag erna bij ochtendgloren werd de paus, oud en ziek, met zes acolieten en een kok op een schip naar Naxos overgebracht. Daar zat hij meer dan een jaar opgesloten in een soort herberg, blootgesteld aan voortdurend getreiter en alle denkbare ontberingen. Zijn bewakers verboden hem zich te scheren en zijn haren te laten knippen. Twee keer mocht hij een bad nemen.
In september van het jaar daarop werd Martinus naar Constantinopel gebracht. Tijdens de overtocht werd de paus getroffen door een aanval van dysenterie en bij aankomst wachtten hem de hoon en de spot van de Byzantijnen. Drie maanden later werd hij berecht. Van de rechters mocht hij niet gaan zitten; twee soldaten hielden hem overeind als hij dreigde ineen te zakken.
Omdat Martinus geen Grieks kende en zijn aanklagers geen Latijn, werd hij ondervraagd door een tolk. De paus werd schuldig bevonden en ter dood veroordeeld wegens heulen met de vijanden van Christus en wegens tekortschieten in de verering van Maria, een straf die daarna werd omgezet in verbanning. Zijn laatste maanden bracht hij door in Cherson, op de Krim, waar hij in september 655 stierf aan de jicht, als een door iedereen vergeten man die zijn brood op de zwarte markt moest kopen. De Kerk verklaarde hem heilig.
